E.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü, 20 Temmuz 1982 tarihinde yürürlüğe giren Yüksek Öğretim Kurumları Teşkilatı Hakkındaki 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile kurulmuştur. Başlangıçta Prof. Dr. Numan ZENGİN’in müdürlüğünde Fen Fakültesinde, sonra kapanan Gıda Fakültesinden Müdür olarak atanan Prof. Dr. Feridun TOPALOĞLU’nun odasında faaliyete başlayan Fen Bilimleri Enstitüsü; 1980’li yılların sonlarında Ziraat Fakültesi B Blok 3. katta Ege Meslek Yüksek Okuluna tahsis edilen yere geçmiş ve halen bu binada faaliyetlerini sürdürmektedir.

Enstitünün amacı;  Ege Üniversitesinde Fen ve Teknik bilimlere dayalı yüksek lisans ve doktora öğretimini, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun amaç ve ilkeleri doğrultusunda ve Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği ile Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği hükümleri çerçevesinde yürütmektir.

Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde bugün için 7’si Fen Bilimleri alanında, 10’u Ziraat Bilimleri alanında, 9’u Mühendislik Bilimleri alanında, 3’ü Su Ürünleri alanında, 1’i Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi alanında, 6’sı Çok Disiplinli Bilimler alanında ve 2’si Orta Öğretim Alan Öğretmenliği alanında olmak üzere toplam 38 anabilim dalı mevcuttur. Çevre Bilimleri, Tabiat Tarihi, Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi Anabilim Dallarında ve Orta Öğretim Alan Öğretmenliği alanındaki Anabilim Dallarında  yüksek lisans eğitimi, diğer Anabilim Dallarında hem yüksek lisans hem de Doktora eğitimi verilmektedir. Kimya ve Kimya Mühendisliği Anabilim dallarında eğitim dili İngilizce, Diğer Anabilim Dallarında ise Türkçe’dir.