Enstitü Kurulu; müdürün başkanlığında, müdür yardımcıları ve enstitü anabilim dalı başkanlarından oluşur. Enstitü kurulu, 2547 sayılı kanunla fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirir. Kurulun raportörlüğünü enstitü sekreteri yapar.